Comunicaciones XII Reunión Grupo GEM Pamplona 2006

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ROTACIONES

EVALUACIÓN DE UN FORMATO DE GENOTIPADO RAPIDO de M. tuberculosis BASADO EN MIRU-VNTR CON UN NUEVO JUEGO DE LOCI
Noelia Alonso Rodriguez, Darío García de Viedma, Philip Supply*, Sandra Andrés, M Jesús Ruiz Serrano, Emilio Bouza
Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas. Hospital Gregorio Marañón, Madrid, Spain; *Molecular Mechanisms of Bacterial Pathogenesis, INSERM U629, Institut Pasteur de Lille, France.

Introducción: En los últimos años se están desarrollando nuevos sistemas de genotipado de M tuberculosis (MTB) que aceleran la obtención de genotipos con respecto a la técnica de referencia (RFLP-IS6110). La técnica de MIRU-VNTR es la más prometedora aunque en análisis previos hemos detectado discrepancias con respecto al análisis por RFLP, que requerían para su clarificación el análisis en tándem de MIRU y spoligotipado.

Objetivos: Valorar si las discrepancias con RFLP encontradas en el análisis previo basado en la amplificación de 12 loci (MIRU 12), son solventadas con la aplicación de un nuevo set de 15 loci (MIRU15).

Material y métodos: Se disponía de los genotipos por IS6110-RFLP, Spoligotyping y MIRU12 de una colección de 132 aislados de M.tuberculosis. Esta misma colección se analizó con el nuevo formato MIRU 15, compuesto por seis de los doce loci anteriormente descritos y nueve loci adicionales . La capacidad de discriminación de cada una de las técnicas se calculó con el Indice de Hunter Gaston (HGDI). El análisis de los genotipos se realizó con el programa Bionumerics 4.0. La correlación entre los clusters obtenidos por MIRU con respecto a los de RFLP se consideró: Total (mismo número de representantes en cluster con idéntico genotipo) o alta (discrepancias basadas en variaciones en una única repetición de un sólo loci de MIRU, o bien en inclusión de nuevo/s aislados en el cluster de RFLP con una similitud superior al 95%).

Resultados: En un estudio anterior realizado sobre la misma colección de aislados, el RFLP agrupó 53 aislados (40,1%) en 17 clusters (HGDI:0,991). En el presente análisis, MIRU15 ha agrupado 46 aislados (34,9%) en 16 clusters (HGDI: 0,994), mientras que MIRU12 agrupó 76 aislados (57,6%) en 20 clusters (HGDI: 0,978). MIRU 12 únicamente mostró correlación (total o alta) en 8/17 de los clusters (47,1%), mientras que MIRU15 la ha mostrado en 15/17 de los clusters (88,2%). El análisis por MIRU15 ha sido discrepante en 2/17 de los clusters de RFLP (11.8%) y ha generado un nuevo cluster no definido por RFLP; el análisis en segunda línea por spoligotipado permitió corregir estas diferencias. Las mayores discrepancias observadas por MIRU15 correspondieron a un cluster de RFLP de alta prevalencia (8 representantes) y con un bajo número de bandas (7), cuya hetrogeneidad genética también fue revelada por spoligotipado.

Conclusiones: El análisis por MIRU15 ha mostrado una mayor capacidad de discriminación y una mayor correlación con el análisis por RFLP, que la versión anterior (MIRU12). El nuevo juego de 15 loci permite conseguir buenos valores de correlación con RFLP sin necesidad de recurrir al spoligotipado en tándem, al contrario de lo que sucedía con MIRU12.

Financiación: F.I.S. (02/0882, 03/0654). N.A.R es beneficiaria de una beca FPI concedida por la Comunidad de Madrid (Orden 7580/2003) y cofinanciada por el Fondo Social Europeo.