Para los pobladores de Egipto la enfermedad es inherente a la condición humana, pero su etiología puede ser visible, es decir, debida a causad externas (entre las que se encuentran los "vientos portadores del mal", los patógenos visibles -generalmente gusanos- y los "agentes invisibles" que circulan por el organismo), y oculta (Como consecuencia del castigo de los dioses, la acción malévola de los enemigos o la venganza de los muertos).

Los egipcios conocieron, casi con toda seguridad, la transmisión de algunas infecciones y parece que poseyeron un cierto saber epidemiológico. El papiro de Hearst muestra que los egipcios habían descubierto que determinadas enfermedades podían transmitirse por contagio y así cierta enfermedad es designada como "la de los asiáticos", mientras que en el papiro de Smith puede encontrarse "un encantamiento para expulsar la peste".

Los egipcios desarrollaron una farmacopea muy rica y de un elevado nivel técnico. En los papiros aparecen constantemente instrucciones muy detalladas sobre las técnicas de preparación de múltiples y variadas formas farmacéuticas, así como recomendaciones para su aplicación. Los remedios vegetales, animales y minerales eran utilizados por los médicos, los cuales practicaban una medicina deductiva, de cierta base racional, aunque también existían magos que intentaban curar a los enfermos mediante exorcismos, adivinaciones y otras técnicas.

Los médicos egipcios utilizaron una amplia variedad de fármacos con fines antiparasitarios y antisépticos (grando, enebro, terpentina, aceite, etc.) y las investigaciones realizadas acerca de algunas sustancias o preparaciones descritas en los papiros han permitido descubrir un cierto conocimiento empírico del fenómeno de la antibiosis. Así lo demuestra la utilización en preparados de aplicación tópica de levadura de cerveza, la cual contiene principios activos contra el estafilococo dorado, microorganismo involucrado en la forunculosis, el impétigo y otras infecciones dermatológicas; también da prueba de ello el uso de pan fermentado prescrito en algunas fórmulas para el tratamiento de heridas purulentas, afecciones intestinales y urinarias, cuyo efecto beneficioso se debía a la presencia de mohos con capacidad antibiótica, o el empleo de rábano, ajo y cebolla, en los cuales se ha demostrado la presencia de diversas sustancias con actividad frente a determiandos cocos y bacilos, así como propiedades antifúngicas y antivirales.

Asimismo, diversas preparaciones obtenidas a partir del aloe vera se utilizaban con fines terapeúticos, aparte de sus variados usos cosméticos, y también era común el empleo de miel, mirra e incienso en el tratamiento de las heridas. Entre los productos del reino mineral destacan el alumbre, la arcilla y los preparados de cobre, utilizados para el tratamiento del tracoma, y el antimonio, usado contra la lepray otras enfermedades infecciosas de difícil diferenciación con aquella.

Por otra parte, la práctica de quemar incienso como medida higiénica estaba muy extendida en los palacios, templos y casas señoriales (El incienso provoca al arder la liberación de ácido fénico, sustancia con la que se inició a mediados del siglo XIX la moderna era de la antisepsia). La preocupación por la higiene se pone de manifiesto también por la frecuencia de los lavados y el uso del natrón y la sosa, aunque no llegaron a conocer el jabón.

El propóleo es una resina de aspecto marrón oscuro, a veces grisáceo, con textura de cera cuando está fría y pegajosa cuando se calienta. La producen las abejas a partir de brotes de árboles, fundamentalmente el chopo, y la emplean para sellar la colmena y embalsamar invasores y sustancias extrañas para prevenir la contaminación microbiana. Conocida desde antiguo, los egipcios la empleaban para sus embalsamamientos. Se ha usado en medicina tradicional por sus propiedades antisépticas, antimicrobianas, bacteriostáticas, antiinflamatorias, espasmolíticas y anestésicas. Se ha formulado para tratar diferentes procesos dermatológicos, incluída la dermatitis de contacto.